يقوم بالتنسيق مع الجهات المعنية بالمكتب التنفيذي لدول مجلس التعاون الخليجي في تنفيذ برامج فحص الوافدين للامراض المعدية ، بالاضافة الى المشاركة في الإشراف على مراكز الفحص الطبي المعتمدة في البلدان الأسيوية وغيرها.

كما يشارك القسم في التفتيش على المؤسسات الصحية المعتمدة داخل السلطنة لإجراء الفحوصات الطبية للعاملين بالقطاع الخاص والإشراف على مراكز الفحص الطبي ومن ضمن مهام القسم تنظيم ورش عمل ودورات تدريبية للأطباء والفنيين العاملين بأقسان الفحص الطبي بالسلطنة.

.